Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island

We report the complete genome sequencing of a novel member of the genus Vitivirus in the family Betaflexiviridae (subfamily Trivirinae) infecting pineapple. The full genome of this virus was obtained from total RNAs extracted from pineapple leaf samples collected in Reunion Island, using a combination of high-throughput sequencing technologies. It is 6,757 nt long, excluding the poly(A) tail, and shares all the hallmarks of vitiviruses. Phylogenetic analyses performed on the replication-associated protein and capsid protein gene sequences unambiguously place this new virus, for which we propose the name “pineapple vitivirus A”, in the Vitivirus genus.

Mots clés

Reunion Island phytopathogenic virus Pineapple

Domaines

Phytopathologie et phytopharmacie

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Format du dépôt	Fichier
Type de dépôt	Pré-publication, Document de travail (preprint/prepublication)
Titre	en Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island
Résumé	en We report the complete genome sequencing of a novel member of the genus Vitivirus in the family Betaflexiviridae (subfamily Trivirinae) infecting pineapple. The full genome of this virus was obtained from total RNAs extracted from pineapple leaf samples collected in Reunion Island, using a combination of high-throughput sequencing technologies. It is 6,757 nt long, excluding the poly(A) tail, and shares all the hallmarks of vitiviruses. Phylogenetic analyses performed on the replication-associated protein and capsid protein gene sequences unambiguously place this new virus, for which we propose the name “pineapple vitivirus A”, in the Vitivirus genus.
Auteur(s)	Jean-Michel Lett ^{1, 2} , Delphine Massé ^{3, 1} , Denis Filloux ^{4, 2} , Thierry T. Candresse ⁵ , Sébastien Massart ⁶ , Armelle Marais ⁵ , Eric Verdin ⁷ , Nathalie Cassam ³ , Emmanuel Fernandez ^{4, 2} , Philippe Roumagnac ^{4, 2} , Pierre-Yves Teycheney ^{1, 2} , Pierre Lefeuvre ^{1, 2} 1 UMR PVBMT - Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical ( 1001933 ) - Faculté des Sciences et techniques - Université de La Réunion 15 avenue René Cassin CS92003 97744 Saint-Denis Cédex 9 pour le Cirad Station de Ligne-Paradis - 7 chemin de l'IRAT - 97410 Saint-Pierre - La Réunion Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement UMR53 ( 11574 ) ; Institut de Recherche pour le Développement ( 67872 ) ; Université de La Réunion UMRC53 ( 300316 ) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement USC1424 ( 577435 ) 2 Cirad-BIOS - Département Systèmes Biologiques ( 168219 ) - Avenue Agropolis TA A-DIR / 04 34398 Montpellier Cedex 5 France - France Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( 11574 ) 3 RAPT - Unité Ravageurs et agents pathogènes tropicaux ( 504858 ) - Anses, Laboratoire de la santé des végétaux, site de Saint-Pierre 7, chemin de l'Irat 97410 SAINT-PIERRE Ile de La Réunion - France Laboratoire de la santé des végétaux ( 482911 ) ; Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail ( 301715 ) 4 UMR PHIM - Plant Health Institute of Montpellier ( 1100829 ) - CIRAD Campus International de Baillarguet TA A-54/K 34398 Montpellier - France Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement UMR 120 ( 11574 ) ; Institut de Recherche pour le Développement ( 67872 ) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement UMR0385 ( 577435 ) ; Institut Agro Montpellier ( 1096330 ) ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ( 1042499 ) ; Université de Montpellier ( 1100589 ) 5 BFP - Biologie du fruit et pathologie ( 1002364 ) - Centre INRAE Bordeaux-Aquitaine 71 avenue Bourlaux BP81 F-33883 Villenave d'Ornon - France Université de Bordeaux ( 259761 ) ; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement UMR1332 ( 577435 ) 6 Unité de recherche TERRA [Gembloux] ( 491112 ) - Passage des Déportés, 2 B-5030 Gembloux - Belgique Gembloux Agro-Bio Tech [Gembloux] ( 491190 ) ; Université de Liège ( 93075 ) 7 PV - Unité de Pathologie Végétale ( 1002066 ) - Domaine Saint Maurice Unité de Recherche de Pathologie Végétale 67, allée des chênes CS 60094 F84143 Montfavet Cedex - France Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement UR0407 ( 577435 )
Commentaire	Research Square
Licence	Paternité
Langue du document	Anglais
Date de publication	2022-02-18
Public visé	Scientifique
Sous-type de document pour les Documents de travail	Preprint
Domaine(s)	Sciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale/Phytopathologie et phytopharmacie
Projet(s) Européen(s)	- European Union (ERDF, INTERREGV)
Financement	Conseil Régional de La Réunion, Anses CIRAD
Thésaurus Inrae	pathologie végétale (fr) - plant pathology (en) syn. phytopathologie (fr) - phytopathology (en) virus phytopathogène (fr) - phytopathogenic virus (en) Déprécié, Remplacé par virus phytopathogène (fr) - plant virus (en) culture fruitière (fr) - fruit growing (en) syn. pomology, fruit crop, fruticulture (en) culture tropicale (fr) syn. plante de culture tropicale (fr) ananas (fr) - pineapple (en) maladie émergente (fr) - emerging disease (en) virologie végétale (fr) - plant virology (en)
Commentaire(s)	Research Square
Mots-clés	en Reunion Island, phytopathogenic virus, Pineapple
DOI	10.21203/rs.3.rs-1361865/v1

Fichier principal

2022-Lett-Preprint-Research Square.pdf ( 337.17 Ko )

Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Muriel Gauthier : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.inrae.fr/hal-03752377

Soumis le : mardi 16 août 2022 à 16:30:41

Dernière modification le : mardi 16 avril 2024 à 14:38:03

Archivage à long terme le : jeudi 17 novembre 2022 à 18:37:32

Dates et versions

hal-03752377, version 1 (16-08-2022)

Licence

Paternité - CC BY 4.0

Identifiants

HAL Id : hal-03752377 , version 1
DOI : 10.21203/rs.3.rs-1361865/v1

Citer

Jean-Michel Lett, Delphine Massé, Denis Filloux, Thierry T. Candresse, Sébastien Massart, et al.. Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island. 2022. ⟨hal-03752377⟩

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Dernière date de mise à jour le 07/04/2024