Meet-U: educating through research immersion
Nika Abdollahi
(1)
,
Alexandre Albani
(1)
,
Eric Anthony
(2)
,
Agnes Baud
(1)
,
Mélissa Cardon
(1)
,
Robert Clerc
(1)
,
Dariusz Czernecki
(1)
,
Romain Conte
(1)
,
Laurent David
(1)
,
Agathe Delaune
(1)
,
Samia Djerroud
(1)
,
Pauline Fourgoux
(2)
,
Nadège Guiglielmoni
(2)
,
Jeanne Laurentie
(1)
,
Nathalie Lehmann
(1)
,
Camille Lochard
(2)
,
Rémi Montagne
(2)
,
Vasiliki Myrodia
(1)
,
Vaitea Opuu
(2)
,
Elise Parey
(1)
,
Lélia Polit
(1)
,
Sylvain Privé
(2)
,
Chloé Quignot
(1)
,
Maria Ruiz-Cuevas
(1)
,
Mariam Sissoko
(1)
,
Nicolas Sompairac
(1)
,
Audrey Vallerix
(2)
,
Violaine Verrecchia
(2)
,
Marc Delarue
(3)
,
Raphaël Guérois
(4, 5)
,
Yann Ponty
(6)
,
Sophie Sacquin-Mora
(7)
,
Alessandra Carbone
(8)
,
Christine Froidevaux
(9)
,
Stéphane Le Crom
(10)
,
Olivier Lespinet
(4)
,
Martin Weigt
(8)
,
Samer Abboud
(4)
,
Juliana Bernardes
(8)
,
Guillaume Bouvier
(11)
,
Chloé Dequeker
(8)
,
Arnaud Ferré
(12)
,
Patrick Fuchs
(13)
,
Gaëlle Lelandais
(4)
,
Pierre Poulain
(14)
,
Hugues Richard
(8)
,
Hugo Schweke
(4)
,
Elodie Laine
(8)
,
Anne Lopes
(4)
1
SU -
Sorbonne Université
2 Université Paris-Saclay
3 Dynamique structurale des Macromolécules / Structural Dynamics of Macromolecules
4 I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
5 AMIG - Assemblage moléculaire et intégrité du génome
6 AMIBIO - Algorithms and Models for Integrative BIOlogy
7 LBT (UPR_9080) - Laboratoire de biochimie théorique [Paris]
8 LCQB - Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology
9 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique
10 ADHDG - Analyse des Données à Haut Débit en Génomique
11 Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics
12 MaIAGE - Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas]
13 DSIMB - Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques
14 IJM (UMR_7592) - Institut Jacques Monod
2 Université Paris-Saclay
3 Dynamique structurale des Macromolécules / Structural Dynamics of Macromolecules
4 I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
5 AMIG - Assemblage moléculaire et intégrité du génome
6 AMIBIO - Algorithms and Models for Integrative BIOlogy
7 LBT (UPR_9080) - Laboratoire de biochimie théorique [Paris]
8 LCQB - Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology
9 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique
10 ADHDG - Analyse des Données à Haut Débit en Génomique
11 Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics
12 MaIAGE - Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas]
13 DSIMB - Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques
14 IJM (UMR_7592) - Institut Jacques Monod
Dariusz Czernecki
- Fonction : Auteur
- PersonId : 786316
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Jeanne Laurentie
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : jeanne-laurentie
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Rémi Montagne
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1293908
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Elise Parey
- Fonction : Auteur
- PersonId : 744708
- IdHAL : elise-parey
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Violaine Verrecchia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 786317
- ORCID : 0000-0002-2385-3079
Raphaël Guérois
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756782
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Yann Ponty
- Fonction : Auteur
- PersonId : 3138
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Sophie Sacquin-Mora
- Fonction : Auteur
- PersonId : 12189
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Alessandra Carbone
- Fonction : Auteur
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Christine Froidevaux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 15597
- IdHAL : christine-froidevaux
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Stéphane Le Crom
- Fonction : Auteur
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Martin Weigt
- Fonction : Auteur
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- IdHAL : martin-weigt
- ORCID : 0000-0002-0492-3684
- IdRef : 170048632
Guillaume Bouvier
- Fonction : Auteur
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Chloé Dequeker
- Fonction : Auteur
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Arnaud Ferré
- Fonction : Auteur
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Patrick Fuchs
- Fonction : Auteur
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Pierre Poulain
- Fonction : Auteur
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Elodie Laine
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Anne Lopes
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Résumé
We present a new educational initiative, called Meet-U, that aims at training students to collaborativework in computational biology and at bridging the gap between education and research.Meet-U mimics the set up of collaborative research projects and takes advantage of the most populartools for collaborative work and of cloud computing. Students are grouped in teams of 4-5 peopleand have to realize a project from A to Z that answers a challenging question in Biology.Meet-U promotes "coopetition", as the students collaborate within and across the teams and are also incompetition with each other to develop the best final product.Meet-U fosters interactions between different actors of education and research through the organization of a meeting day, open to everyone, where the students present their work to a jury of researchers and jury members give researchseminars. This very unique combination of education and research is strongly motivating for thestudents and provides a formidable opportunity for a scientific community to unite and increase itsvisibility. We report on our experience with Meet-U in two French universities with master studentsin bioinformatics and modeling, with protein-protein docking as the subject of the course.Meet-U is easy to implement, virtually costs nothing and can be straightforwardly transferred to other fieldsand/or universities. All the information and data are available at http://www.meet-u.org.
Domaines
Bio-informatique [q-bio.QM]Format du dépôt | Fichier |
---|---|
Type de dépôt | Article dans une revue |
Résumé |
en
We present a new educational initiative, called Meet-U, that aims at training students to collaborativework in computational biology and at bridging the gap between education and research.Meet-U mimics the set up of collaborative research projects and takes advantage of the most populartools for collaborative work and of cloud computing. Students are grouped in teams of 4-5 peopleand have to realize a project from A to Z that answers a challenging question in Biology.Meet-U promotes "coopetition", as the students collaborate within and across the teams and are also incompetition with each other to develop the best final product.Meet-U fosters interactions between different actors of education and research through the organization of a meeting day, open to everyone, where the students present their work to a jury of researchers and jury members give researchseminars. This very unique combination of education and research is strongly motivating for thestudents and provides a formidable opportunity for a scientific community to unite and increase itsvisibility. We report on our experience with Meet-U in two French universities with master studentsin bioinformatics and modeling, with protein-protein docking as the subject of the course.Meet-U is easy to implement, virtually costs nothing and can be straightforwardly transferred to other fieldsand/or universities. All the information and data are available at http://www.meet-u.org.
|
Titre |
en
Meet-U: educating through research immersion
|
Auteur(s) |
Nika Abdollahi
1
, Alexandre Albani
1
, Eric Anthony
2
, Agnes Baud
1
, Mélissa Cardon
1
, Robert Clerc
1
, Dariusz Czernecki
1
, Romain Conte
1
, Laurent David
1
, Agathe Delaune
1
, Samia Djerroud
1
, Pauline Fourgoux
2
, Nadège Guiglielmoni
2
, Jeanne Laurentie
1
, Nathalie Lehmann
1
, Camille Lochard
2
, Rémi Montagne
2
, Vasiliki Myrodia
1
, Vaitea Opuu
2
, Elise Parey
1
, Lélia Polit
1
, Sylvain Privé
2
, Chloé Quignot
1
, Maria Ruiz-Cuevas
1
, Mariam Sissoko
1
, Nicolas Sompairac
1
, Audrey Vallerix
2
, Violaine Verrecchia
2
, Marc Delarue
3
, Raphaël Guérois
4, 5
, Yann Ponty
6
, Sophie Sacquin-Mora
7
, Alessandra Carbone
8
, Christine Froidevaux
9
, Stéphane Le Crom
10
, Olivier Lespinet
4
, Martin Weigt
8
, Samer Abboud
4
, Juliana Bernardes
8
, Guillaume Bouvier
11
, Chloé Dequeker
8
, Arnaud Ferré
12
, Patrick Fuchs
13
, Gaëlle Lelandais
4
, Pierre Poulain
14
, Hugues Richard
8
, Hugo Schweke
4
, Elodie Laine
8
, Anne Lopes
4
1
SU -
Sorbonne Université
( 413221 )
- 21 rue de l’École de médecine - 75006 Paris
- France
2
Université Paris-Saclay
( 419361 )
- Bâtiment Bréguet, 3 Rue Joliot Curie 2e ét, 91190 Gif-sur-Yvette
- France
3
Dynamique structurale des Macromolécules / Structural Dynamics of Macromolecules
( 462689 )
- Département de Biologie structurale et Chimie, 25-28 rue du docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15
- France
4
I2BC -
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
( 414518 )
- Bâtiment 21, 1 avenue de la Terrasse, 91198 Gif/Yvette cedex
- France
5
AMIG -
Assemblage moléculaire et intégrité du génome
( 460058 )
- I2BC, Bâtiment 21, 1 avenue de la Terrasse, 91198 Gif/Yvette cedex
- France
6
AMIBIO -
Algorithms and Models for Integrative BIOlogy
( 1051971 )
- Laboratoire d'Informatique de l'École polytechnique
Route de Saclay
91128 Palaiseau CEDEX
- France
7
LBT (UPR_9080) -
Laboratoire de biochimie théorique [Paris]
( 489 )
- 13 Rue Pierre et Marie Curie 75005 PARIS
- France
8
LCQB -
Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology
( 247235 )
- Biologie Computationnelle et Quantitative UMR 7238 CNRS-Université Pierre et Marie Curie Site des Cordeliers Bât. A - 4ème étage, 15, Rue de l'Ecole de Médecine 75006 Paris, France
- France
9
LRI -
Laboratoire de Recherche en Informatique
( 2544 )
- LRI - Bâtiments 650-660 Université Paris-Sud 91405 Orsay Cedex
- France
10
ADHDG -
Analyse des Données à Haut Débit en Génomique
( 495439 )
- France
11
Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics
( 262357 )
- Département de Biologie structurale et Chimie, 25-28, rue du Docteur Roux - 75724 Paris Cedex 15
- France
12
MaIAGE -
Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas]
( 426348 )
- Bât. 233, Domaine de Vilvert - 78352 Jouy-en-Josas Cedex
- France
13
DSIMB -
Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques
( 266751 )
- 6 rue Alexandre Cabanel, 75739 Paris cedex 15
- France
14
IJM (UMR_7592) -
Institut Jacques Monod
( 1004865 )
- Université Paris Cité, Bât. Buffon, 15 rue Hélène Brion, 75205 Paris cédex 13
- France
|
Public visé |
Scientifique
|
Sous-type de document pour les Articles |
Research article
|
Numéro d'article |
|
Version du document |
version éditeur
|
URL éditeur |
http://journals.plos.org/ploscompbiol/
|
Commentaire |
This is a PLOS Computational Biology Education paper.
|
Nom de la revue |
|
Numéro |
3
|
Volume |
14
|
Vulgarisation |
Non
|
Audience |
Internationale
|
Date de publication |
2018-03-15
|
Langue du document |
Anglais
|
Comité de lecture |
Oui
|
Licence |
Paternité
|
Page/Identifiant |
1-10
|
Voir aussi |
|
Financement |
|
Domaine(s) |
|
Mots-clés |
en
Computational biology, Bioinformatics, Protein structure prediction, Cloud computing, Protein structure
|
DOI | 10.1371/journal.pcbi.1005992 |
ProdINRA | 429639 |
Pubmed Id | 29543809 |
UT key WOS | 000428885200018 |
Origine :
Publication financée par une institution
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